Kappaleessa 3.4. metsien nielujen heikkenemisen syiksi arvioitiin mm. biomassan polton lisääntymistä ja puun tuonnin vähentymistä ja lopulta loppumista Venäjältä. 

Iso syy hiilensidontanopeuden hidastumiseen on metsien rakenteessa ja ikäjakaumissa tapahtunut muutos. Suometsien 1960-luvulta lähtien tehdyt ojitukset ja muu tehostunut metsätaloustoiminta lisäsi nuorten metsien osuutta ja tehosti metsien kasvua (hiilen sitoutumista puuainekseen) vuosikymmenten ajan. Kun metsien vanhetessa keskimääräinen kasvunopeus hidastuu ja samalla esim. ilmastotekijät voivat edistää hajotustoimintaa, hiilivaraston kasvu pienenee. Sen takia metsien arvioitu kasvu ei ole samalla tavoin pystynyt kompensoimaan muun maankäyttösektorin aiheuttamia päästöjä. Nielukeskustelussa tämä typistyy usein pelkäksi metsien hiilensidontaan liittyväksi kysymykseksi. 

Edellisten lisäksi hiilinielujen mallintamiseen liittyy merkittäviä epävarmuuksia muuallakin kuin Suomessa, jossa turvemaiden metsät vielä hankaloittavat arvioiden tekemistä. On aiheellisesti pohdittu onko metsien hiilitase mittarina täysin käyttökelpoinen.